Cha Huy Du là Cụ Nguyễn Huy Hoàng, thường gọi là "Cụ giáo Hoàng", dạy học tại Hà Nội, sống tại 44 Phố Châu Long, Quận Ba Đình, thành phố Hà Nội và mất tại nhà riêng.
Phu nhân là Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Thị Nhung, nguyên Phó Giám đốc Nhạc viện Hà Nội. Vợ chồng Huy Du có hai con; một gái, một trai đều thành đạt.
